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面对医疗机构拥有的强势的市场力量、药品价格的行政管制与强制降价、刺激价格竞争的药品招标采购制度，中国制药业缺乏对成本压力有效、全面的转移能力。尤其是政府对医疗机构药品购销差价率的管制趋于严格，导致其药品销售业务的获利能力显著下降。以卫生部门综合医院为例，其药品销售业务的毛利率由2002年的24.55%下降至2008年的16.17%。 医疗机构获利能力的受限和下降，进一步削弱了制药业通过产品价格调整转移成本压力的可能性。数据显示，医药制造业2008年的产品出厂价格水平基本与2001年相当（医药制造业出厂价格指数2008年约为2001年的100.80%）。并且，在若干年份，受医疗机构转嫁药品行政降价压力和同质竞争的影响，医药制造业出厂价格指数甚至出现同比下降。事实上，市场竞争的压力以及医疗机构对药品购销差价率管制采取的变通行为与合谋现象，令我们相信，制药企业产品价格实际承受的转嫁压力，远高于医药制造业出厂价格指数所表现出来的程度。 另一方面，制药业低R&D强度及其导致的产品低附加值特征，决定了实物投入成为产品成本的主要构成，从而令其难以获得吸收成本压力的充分缓冲。因此，在价格竞争和成本推动的双重挤压下，中国制药业的盈利空间持续收窄。2008年，医药制造业的毛利率约为31.62%，已较2002年下降了大约4.13个百分点。不过，制药业控制费用支出的努力，在一定程度上吸收了成本结构面临的压力。2008年，医药制造业的（3项）费用率相对于2002年下降了6.92个百分点，从而导致营业利润率相应上升2.98个百合点，销售利润率上升1.88个百分点。
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