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2006年我国医药行业累计完成出口交货值670.59亿元，同比增长25.51%。然而良好的出口增长势头对我国的医药企业而言并不完全是好消息。因为化学原料药的出口占了44.4%，大量低价出口还招致贸易摩擦。
国家发改委3月20日发布了医药行业2006年运行分析及2007年趋势预测。目前我国已成为世界第二大原料药生产国，从事原料药出口的企业已达7000多家。但是贸易摩擦近年来也随之增加。中国医药保健品进出口商会西药部商品分会秘书长乔海胜表示，一方面，不排除一些国家是在采取贸易保护；另一方面，中国原料药产品同质化竞争，导致价格未能与出口量同步增长。目前有消息称，印度又欲对我国的B12和头孢三嗪进行反倾销调查。
除原料药的比重较大外，出口的成品药多为仿制药，是我国药品出口面临的另外一个难题。乔海胜介绍，目前我国出口的西药制剂中，97％以上都是仿制药。
纠其原因，乔海胜认为，首先研发资金不够。中国药企的研发投入占销售额的比例基本在5％以下 ，而美国等大型药企在15％以上。第二，在我国，科研院所与药企脱节，导致科研成果很难向市场转化。再次，我国药企的市场开发能力欠缺。一个例证就是我国具备知识产权的药品青蒿素，却被瑞士诺华公司买断了。
国家发改委表示，在“十一五”期间，设立医药制剂产品出口专项，鼓励拥有自主知识产权、疗效确切、国际市场需求量较大的产品出口，提高医药产品的国际竞争力。
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